Tout au long de l’année 1994, le gouvernement américain fait pression sur les dirigeants militaires haïtiens afin qu’ils démissionnent et de permettre au président élu, Jean-Bertrand Aristide, de retour dans le pays et restaurer l’ordre constitutionnel. Le 31 juillet 1994, le Conseil de sécurité des Nations unies a appelé tous les moyens nécessaires à prendre pour le retour du président élu Jean-Bertrand Aristide au pouvoir - (Résolution 917). Environ une centaine d’observateurs de l’ONU se sont rendus à la frontière entre la République dominicaine et Haïti à la mi-août pour arrêter la contrebande de pétrole, qui soutenait les dirigeants militaires haïtiens.
En réponse, Émile Jonassaint a déclaré l’état de siège et a accusé le monde d’avoir « déclaré la guerre aux pauvres d’Haïti, qui a nui à personne ». Tout au long du mois d’août, l’armée et ses alliés paramilitaires, le « Front pour l’avancement et le progrès d’Haïti », ont continué à assassiner des partisans d’Aristide, tout en organisant des défilés de « volontaires » pour lutter contre une invasion.
Le 18 septembre 1994, le président Bill Clinton a envoyé l’ancien président Jimmy Carter, le général Colin Powell et le sénateur Sam Nunn pour négocier le retour du président Jean-Bertrand Aristide avec Émile Jonassaint qui était chef du gouvernement provisoire d’Haïti. Émile Jonassaint a signé l’Accord de Port-au-Prince qui définit la fin de ses fonctions de chef du gouvernement provisoire d’Haïti après le retour du président élu Aristide.
Le 24 octobre 1995, Jonassaint meurt à l’âge de 82 ans.