À son retour, il fut nommé, par le président Michel Domingue, commandant de l’armée dans le département de l’Ouest.
Le 23 avril 1876, il remplaça Michel Domingue comme premier président du gouvernement provisoire, avant de devenir finalement le 17 juillet 1876, président d’Haïti. La Constitution de 1867 lui donne un mandat de quatre ans.
Alors que Boisrond-Canal préside, des tensions étrangères et en politique intérieure apparaissent dans le paysage politique, notamment en raison des divergences de vues entre les partis nationalistes et libéraux au Parlement. Après un débat houleux à la Chambre des Députés le 30 juin 1879 qui furent suivis par des émeutes à Port-au-Prince, dans lesquelles le chef du Parti libéral, Jean-Pierre Boyer-Bazelais, a joué un rôle important, il était en outre le fondateur et le chef du Parti libéral.
Bien que le gouvernement ait réussi à rétablir la loi et l’ordre, Boisrond-Canal, démissionna le 17 juillet 1879 comme président, n’arrivant pas à une médiation entre les partis libéral et national. Le successeur à la présidence fut Lysius Salomon.
Après sa démission, il partit de nouveau en exil en Jamaïque.
Après son retour d’exil, et la démission de son successeur, Salomon, le 10 août 1888, il est renommé Président par intérim d’Haïti. Il a intronisé le 16 octobre 1888 François Denys Légitime comme nouveau président.
Le 26 mai 1902, il a été nommé successeur de Tirésias Simon Sam comme nouveau président par intérim d’Haïti. Le 17 décembre 1902 Pierre Nord Alexis devint son successeur.
Boisrond-Canal a été l’un des politiciens les plus influents en Haïti de son temps et avait même en dehors de son propre règne une influence notable sur la politique d’Haïti. Il meurt à Port-au-Prince le 6 mars 1905.
À côté de lui, son frère cadet, Louis-Auguste Boisrond-Canal, et a été une personnalité politique active en 1908 en tant que membre de la Commission pour l’ordre public et président par intérim d’Haïti.